Na konci 30.let 20.století byla kapacita synagogy 212 sedadel pro muže (sedadla byla umístěna v dolní hlavní lodi). V roce 1901 bylo zřízeno venkovní schodiště, jímž se vstupovalo do tzv. galerie, ze které sledovaly bohoslužbu ženy. 

Nová výzdoba interiéru synagogy byla realizována Čestmírem Dobešem v roce 1936, kdy bylo též zavedeno elektrické osvětlení místo původního plynového. 

Budova klatovské synagogy, na rozdíl od celé řady synagog v pohraničí, "přežila" i období Protektorátu Čechy a Morava, přestože i zde byl zaznamenán v roce 1941 pokus o její zničení ze strany členů pronacistické organizace Vlajka. Vnitřní vybavení však bylo během války téměř zničeno.

V 60. letech pak byla synagoga stavebně upravena pro potřeby okresního archivu, který zde zústal až do počátku 90. let. Tyto necitlivé úpravy změnily vnější i vnitřní ráz synagogy.

Pramen: vysvětlující tabule u synagogy a pomníku Ztracený svícen